Добыча и переработка рыбы — по-прежнему основная отрасль экономики Петропавловска. Среди наиболее крупных рыбодобывающих и рыбоперерабатывающих предприятий — ЗАО «Акрос», рыболовецкий колхоз им. Ленина, ПАО «Океанрыбфлот» и ряд других. В целом же отрасль, в основном, представлена мелкими компаниями, работающими сезонно на лососёвых породах рыбы. В то время как в ряде посёлков восточного и западного побережья Камчатки в последние годы в связи с постройкой новых заводов рыбопереработка получила «второе дыхание», в самом Петропавловске отрасль потеряла былое значение. В последние годы набирает силу и горнорудная промышленность. В городе расположены офисы горнодобывающих компаний, осуществляющих добычу золота (Асачинское, Агинское, Родниковое и другие месторождения), никеля (Шануч), платины (месторождения расположены на севере края, в Корякии), а также серебра.